在各个历史时期，宣恩政权的内设机构，各有不同。羁縻州和土司时期，中央只要各少数民族首领称臣纳贡，听候调遣，土司署内的官吏，如知事、提控等，设置人员的多少，根据需要，由各土司自主任命。
改土归流后，在县衙，内设三班六房，外设学署、巡检署、典史署等机构。这些机构，都建有单独办理公务的衙署，设有学官，巡检官、典史官等，他们都是行政首长重要的佐理官。在首长统一领导下，分别开展各自的政务工作。
到民国，在县衙，内设科局，外设司法、公安、军事等机构，并设科长、局长、司法、军事等基层长官，及科员、事务等办事人员。
一 三班六房及科局
所谓三班，是皂班、壮班、快班，属衙内打杂、站班、缉捕的差役。六房是吏房、户房、礼房、兵房、刑房、工房。各房均设办事人员，是给县衙办理文书的胥吏。
民国时期，将六房事务改为科局办理。各科设科长科员、事务员等若干人。清代的三班六房、民国的科局，他们的工作均属政务工作。
兹将六房的主要职能分述如下：
吏房，主管考核、任免、升降、调动等人事工作。
户房，主管户籍、土地、赋税、财政、收支等事务。
礼房，主管礼仪、祭享、贡举等事务。
兵房，主管兵籍、军械、军务等工作。
工房，主管工程、工匠、屯田、水利、修建等事务。
到清末，政治腐败，政务废驰，六房形成虚设。民国初年，北洋政府尚沿袭清制。
民国16年（1927），南京国民政府成立，县知事公署，改称县政府，县知事改称县长。同时在政府内，设公安、建设、教育三局。
民国20年（1931），公安等局撤销，只设两科，公安由二科兼理。
民国23年（1934），设民政、财政、教育三科，以及会计室、警佐室，钱粮征收所。
25年（1936）增设兵役科。
29年（1940），增设参事室。
民国30年（1941），设民政、财政、建设、教育、军事、粮政、秘书、会计八科和警佐室。
32年（1943），成立宣恩县临时参议会。
民国36年（1947），紧缩编制为三科。一科掌民政、役政、及社会事项，二科掌财政、地政、及建设事项。三科掌教育、文化等事项。
民国38年（1949），宣恩定为丁级县，定员33人，内设秘书、会计二室，以及五科。第一科掌民政、警政；第二科掌财政、钱粮；第三科掌教育、文化及建设；第四科掌组训、自卫及兵役；第五科掌社会、地政。
各时期的军事、教育、财政、金融等机构的变迁，详见各有关章节。
二 司法及治安
（一） 司法机构
清代的典史官，是掌管缉捕、监狱、兼理县丞、主簿的属官。其单独办理公务的衙署，建在宣恩城内，有头门、大堂、二堂、内署、花厅等设置，首任典史是顺天大兴吏员陈天德。到清末，共经历19任典史。
清代是司法行政合一制，典史虽是执掌司法的主要官员，而民刑案件仍由知县审理，典史只是办理具体事务的重要佐理。
北洋政府时期，沿袭清制，县知事仍然兼理司法，后期才与司法分开。
民国16年（1927），国民政府奠都南京，宣恩设司法公署。
民国22年（1933），实行司法承审制度，署设审判官、书记官、文书、检验各一人，执达2人。县长兼理司法行政及检察事务。
民国25年（1936），改司法公署为司法处。由审判官审理案件，县长兼理检察职务。
民国30年（1941），实行军法承审。由县长兼任军法官，军法承审员审理军法案件。
民国34年（1945），撤销司法处，设宣恩县地方法院，院址设文昌宫。内设民事、刑事二庭，配院长1人，推事2人。书记长1人，书记官6人，会计、录事、执行、检验、执达、法警、庭丁等，共定员30人。以黄维纶为首任院长。
同时，设检察处，配检察官1人，检察员1人，录事4人，还有警长、法警、公丁等，总共20人，以余兆吉为首任首席检察官。
（二）治安机构
改土归流后，在宣恩设有巡检，他是知县的佐官，其职责以维持地方治安、镇压人民反抗为专任。其设置多离县城较远，但非永久性固定机构，根据需要，可移设他处，也可撤裁。原则上是一县设一个。
乾隆二年（1737），在宣恩的干坝、东乡两地，分别建造巡检署，有头门3间，大堂3间，内署3间，书房3间，厨房1间。
驻东乡的首任巡检是浙江会稽吏员包毓襄，至道光16年（1836），共经历巡检17任，才将衙门改设崇阳。
驻干坝的首任巡检，是顺天大兴供事（清代中央机关的书吏）袁大经。到同治年间，共经历巡检23任。
宣统二年（1910），地方治安设警务长公所，由知县兼任警务长。
民国初期，地方治安由县总公所负责，以向金秋为首任所长。
民国16年（1927），南京国民政府成立，宣恩设警察所，由县长兼所长。下设警目1人，副警目2人，政务警察队1个。有政务警察13人，专办催征、送达、侦缉等事务。
民国30年（1941），增设警佐室，配置警佐、督察、课员、巡官、书记各一人，长警34人。
民国32年（1943），改警佐室为警察局，设局长1人，督察2人，巡官3人，书记3人。辖警察队一个，有官警126名，各乡设警察分驻所。
民国35年（1946），县警察队扩编为警察大队，辖两个中队，共212人，县长兼大队长。
（三）教育行政
（见教育专章）
（四）军事机构
（见军事专章）
